质保金的扣除方式主要有以下几种：
发包人在支付工程进度款时，按照一定比例逐次扣留质保金。
在工程竣工结算时，一次性从工程总造价中扣除质保金。
在工程开始或结束时，在工程款之外单独收取质保金。
质保金通常为合同总价的5%，但具体比例应根据双方约定。质保金用于保证在缺陷责任期内，施工企业（承包方）对工程质量问题的维修责任。如果工程在缺陷责任期内出现质量问题，质保金可能会被扣除用于维修费用。缺陷责任期满后，施工企业可以申请返还剩余的质保金。
需要注意的是，质保金的扣除应遵循合同约定和相关法律规定，并且在扣除前应确保有充分的质量问题证据和合理的维修费用计算
